Man unterscheidet zwischen bibliographischen Datenbanken in engerem Sinne – wie etwa PubMed, Embase oder Cinahl und anderen biomedizinischen Wissenssammlungen – und den so genannten „sekundären“ Datenbanken wie der Cochrane Library oder der Clinical Evidence.
Bibliographische Datenbanken (auch „Referenzdatenbanken“ genannt) entstanden aus dem Bedürfnis, die biomedizinische Fachliteratur möglichst vollständig abzudecken. Ausgehend von einer komplexen qualitativen Bewertung (die verschiedene Parameter wie klinische Relevanz, Originalität und Erscheinungspünktlichkeit jeder Publikation berücksichtigt) werden die zu verzeichnenden Zeitschriften vom jeweiligen Betreiber der Datenbank ausgewählt. Einige davon listen lediglich periodisch erscheinende Veröffentlichungen auf, andere analysieren und verzeichnen auch Texte und Unterlagen wie etwa Richtlinien, Konsensuserklärungen oder Informationsbroschüren für Bürger oder Patienten. In diesen Datenbanken kann die Suche meist nach allgemeinen Kriterien und Methoden erfolgen, doch weist jede von ihnen Unterschiede auf und garantiert mit dem „eigenen“ Suchverfahren die besten Ergebnisse. Zur Verbesserung der Suchqualität empfiehlt es sich deshalb, die auf der jeweiligen Datenbank-Startseite abrufbaren Gebrauchsanweisungen durchzulesen.
Sekundäre Datenbanken (wie etwa Cochrane Library oder Clinical Evidence) bestehen aus monographischen Übersichten, die sich aus der besten verfügbaren Fachliteratur zu bestimmten klinischen Themen diagnostischer oder therapeutischer Natur ergeben. Sie werden periodisch und nach vordefinierten Verfahren aktualisiert, beruhen auf klinischen Forschungsergebnissen und liefern Hinweise auf therapeutische Strategien, indem sie den Verlässlichkeitsgrad der vorhandenen Evidenz – je nach Art der Studie – bewerten.